Jelix è distribuito sotto forma di archivio tar.gz o zip. Questo file contiene una directory jelix/lib con tutti i file del framework e le librerie necessarie, oltre ad una directory jelix/temp.

Estraete i file con un programma come winzip, unzip o tar.

  tar xvzf jelix_1.1.tar.gz

Otterrete la seguente struttura di directory:

jelix/
   lib/               
      jelix/          source of Jelix
      jelix-modules/  standard modules delivered with Jelix
      jelix-plugins/  standard plugins delivered with Jelix
      jelix-scripts/  command-line scripts that can help developer
      jelix-www/      web resources: javascript files, css, xul...
   temp/              Temporary files of Jelix applications.

La directory lib/ contiene ulteriori cartelle (non elencate), nelle quali si trovano altre librerie che non fanno parte del progetto Jelix ma che sono usate dallo stesso: wikirenderer, JSON, difflib, phpMailer, etc.

Per una maggiore sicurezza, è raccomandato di installare il framework Jelix fuori dal percorso pubblicamente accessibile del server web. E' possibile usare il framework per più applicazioni, ma non è obbligatorio; è infatti possibile copiare la struttura delle directory nella cartella mysite/.

E' necessario impostare i permessi di scrittura della cartella temp/ per dell'utente sotto il quale gira il server web.

A questo punto è possibile creare o installare una applicazione Jelix.