Y'a t'il un moyen de regrouper dans des sous répertoires les templates?

Je crois que non, dûe à la forme des selecteurs!

non il n'y a pas moyen. Les seuls sous-répertoires que l'on peut avoir dans un répertoire de template, ce sont des répertoires ayant pour nom un code langue (fr_FR par ex), permettant d'avoir un template en plusieurs langues.